Ta en titt på Einstein sin forklaring på virrevandring (såkalt Brownsk bevegelse, engelsk: Brownian motion).
Kort sagt: dersom du legger et lite pollenkorn i et glass vann, så vil det aldri ligge helt i ro, uansett hvor lenge du venter. Dersom du titter på pollenkornet i et mikroskop, så vil det bevege seg tilfeldig frem og tilbake, som på animasjonen
her.
Einstein viste at en enkel forklaring på denne bevegelsen er at vannet består av enda mindre partikler (vannmolekyler) som hele tiden kolliderer med pollenkornet og dytter det hit og dit.
Siden disse vannmolekylene er for små til å se, selv i et mikroskop, må vi trekke den slutningen at de finnes. Ikke ved at vi observerer dem direkte, men fordi vi ser effekten de har på andre ting (pollenkornet).
(Vi kan heller ikke se luft, men trekker den slutningen at luft finnes fordi vi kjenner vind i ansiktet eller ser et tre bli bøyd i sterk vind.)
Du kan også se på Millikan sine oljedråpe-eksperiment, der han viste at elektrisk ladning øker eller minker i bestemte "hopp" (dvs. elektronet er en partikkel).
Du kan også se på eksperimenter i fra kjemien, om at du må kombinere stoffer i bestemte rasjonale forhold for å få fullstendige reaksjoner. (F.eks. at du blande hydrogengass og oksygengass i forholdet 2:1 for å få fullstendig forbrenning, osv.)
Alt dette peker i retning av at det finnes atomer. Og omvendt: teorien om at atomer finnes gir oss en veldig god forklaring på alle disse forskjellige fenomenene.
Husk at Rutherford og Thomson ikke ville undersøke om atomer finnes eller ikke. Det trodde de allerede på. Det de ville undersøke var atomets indre struktur: hvordan er de positive og negative ladningene fordelt i forhold til hverandre. (Bollemodell vs planet-modell.)
Før atommodellen trodde noen på "virvelmodellen" (engelsk: vortex model), dvs. at atomer var virvler i eteren, på samme måte som du kan ha virvlerstrømmer i vann. Men denne teorien ble forkastet fordi den ikke stemmer med observasjoner (eteren finnes ikke, osv.).
